La germination exige du dioxygène. Elle s'accompagne d'une crise respiratoire. Dans ces milieux anoxiques, en particulier pour les Rhizophora mangle qui vivent dans les parties inondées en permanence, la germination se réalise directement sur la plante-mère. On parle alors de viviparité. L'embryon, sur l'arbre, brise le péricarpe pour permettre la sortie de la radicule. Quand la plantule a atteint une vingtaine de centimètres, elle se détache de l'arbre et s'enfonce dans la vase meuble. A marée haute, si la plantule ne peut se planter dans le sol, elle dérive et permet ainsi la colonisation de nouveaux milieux.